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    核酸引物的純化及HPLC檢測方法
    2021-12-09 15:25

           核酸引物是指人工合成的兩段寡核苷酸序列,一段與目的基因一端的一條DNA模板鏈互補,另一段與目的基因另一端的另一條DNA模板鏈互補。它是DNA複製開始時DNA聚合酶的結合位點,所以引物的純度關係到PCR擴增的結果,尤其是對用於測序、克隆的引物。因此引物合成之後一般都需要做進一步的純化。


    核酸引物純化

    核酸引物純化現在引物純化方式有很多種,目前常見的主要有C18柱脫鹽、RPC純化、ePAGE純化、PAGE純化以及HPLC純化等,各純化方式對比如下。

    純化方式

    純化特點

    C18柱脫鹽

    對DNA有特異性吸附,可被有機溶液洗脫,但不會被水洗脫,因此能有效地去除鹽分,但不能有效去除比目的片段短的小片段。

    該方法一般不會對普通PCR反應產生影響。對於需要用於測序、克隆的引物不能使用這個級別。

    RPC純化

    RPC純化是通過反相淨化濾芯 (Reverse Phase Cartridge) 對引物進行純化,純化原理與反相HPLC純化一樣。但它是一種有效且更加經濟的純化方式。該純化方法對引物長度為15~40mer更為適用。RPC純化的引物可以應用於DNA測序、 PCR及基因合成等。

    ePAGE純化

    ePAGE是一種利用快速電泳對引物進行分離純化的方法,具有通量大,速度快的特點。依靠全自動進樣,快速電泳,自動純化等設備,短時間內完成DNA條帶的分離純化。該純化方法對<15 mer和>60me的引物不適用。但純度可滿足大多分子生物學實驗需求。

    PAGE純化

    PAGE純化法是使用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,對引物DNA進行分離,然後從凝膠中回收目的DNA。PAGE純化法也是一種非常有效的DNA純化方法,純化後的DNA純度大於90%,對長鏈Oligo DNA (大於50mer)的純化特別有效。

    HPLC純化

    HPLC純化是利用高效液相色譜的原理,對引物DNA進行純化。該方法能達到很高的純度和靈敏度。該法的缺點是成本較高,批量生產效率不高。HPLC純化主要用於短鏈和修飾引物的純化。

    在使用HPLC方法對引物DNA的分析和純化中,常用的有離子交換(ion-exchange)HPLC和反相HPLC。反相HPLC一般純度能大於90%;離子交換 HPLC純度能大於95%,並且可以有效的去除N-1短片段,對純化短鏈引物<15mer特別有效。

    丝瓜视频黄色视频最近推出的核酸純化係統,是一套多功能製備係統,流量範圍可達100mL/min,同時具備雙波長檢測功能,可實現進樣和收集同時進行,兼容多種規格托盤和試管。與之相匹配的SinoPak BEH T-C18 反相色譜柱以及Bioassist 陰離子交換柱,純化效率高,色譜柱壽命長,是核酸純化的不二之選。


    核酸引物純度檢測

    純化完成後,引物純度檢測也是必備的一個步驟。HPLC是最常用的一種分析方法,參考國標GB/T 34797-2017,核酸引物純度的分析色譜條件如下:

    色譜柱:

    SinoPak BEH AQ-C18 色譜柱 3μm 4.6*50mm

    流動相:A:0.1mol/L TEAA;B:乙腈,梯度洗脫

    0-15min 流動相B從5%到30%

    檢測波長:260nm

    流速:1.0mL/min

    柱溫:60℃

    SinoPak BEH AQ-C18色譜柱是丝瓜视频黄色视频最新研發並推出的全新一代雜化矽膠色譜柱,通過特殊的三鍵鍵合工藝,極大降低鍵合相脫落。該色譜柱不但可以耐純水,在具備高的柱效和機械強度的同時,還具有很寬pH範圍穩定性,即使在極端的條件下,也能保持很好的柱壽命。SinoPak BEH AQ-C18色譜柱有三種不同的孔徑[130Å、200Å和300Å] ,適用於從小分子分析到大分子生物製藥分析的各類應用。


    分析純化係統配置如下

    序號

    設備型號

    主要參數

    1

    P3170

    高壓恒流泵

    流速範圍:0.01~100.00mL/min

    耐壓:30MPa

    2

    UV3150

    雙波長紫外-

    可見檢測器

    分析型:10mm

    半製備型:2mm

    製備型:0.5~2mm可調

    3

    S3150PF

    自動進餾器

    進樣範圍:10μL~20mL(最大可達25mL)

    強製、時間、閾值、斜率等多種收集模式

    4

    TP3100溶劑托盤

    /

    5

    Kromstation

    色譜數據工作站

    可對儀器進行全反控

    6

    Bioassist Q

    分析型

    陰離子交換柱

    10µm 4.6×50mm

    Bioassist Q

    製備型

    陰離子交換柱

    13µm 10×100mm

    SinoPak BEH AQ-C18

    3µm 4.6×50mm (分析型)

    SinoPak BEH AQ-C18

    5µm 10×250mm (製備型)


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